免费三维分子显示工具(Jmol)

Jmol 是一款用 Java 编写的开源免费三维分子显示工具，主要用来浏览和编辑分子模型。它既能读取多种分子文件格式，也能把画面导出为常用图像格式。学生、教师和科研人员都可以用它来观察化学与生物化学分子结构。软件跨平台运行，Windows、Mac OS X 以及 Linux/Unix 系统都能安装使用。运行前需要先准备好 Java 运行环境 JRE。

三种使用形态

1、 JmolApplet 以浏览器小程序的形式嵌入网页，适合在线展示分子模型

2、 Jmol 应用是独立 Java 程序，可以直接在桌面上启动运行

3、 JmolViewer 属于开发工具包，能集成到其他 Java 应用程序里

绘图与显示能力

- 三维绘图不需要额外硬件支持，性能表现不错

- 支持动画播放，方便观察分子动态变化

- 可展示振动模式，帮助理解分子运动

- 支持基本单位晶胞的显示

- 能绘制二级结构示意图，适合蛋白质等大分子

格式与脚本支持

- 可读取 CIF/mmCIF、CML、GAMESS、Gaussian 94/98/03、Ghemical、HIN (HyperChem)、Jaguar、MOL/SDF、MOPAC 93/97/2002、PDB、Q-Chem、SHELX、Spartan、NWChem、XYZ 等多种分子格式

- 用 gzip 压缩过的文件，程序可以自动解压

- 兼容 RasMol/Chime 脚本语言，老脚本也能继续用

- 提供 Javascript 支持库，方便网页端调用

测量与输出

1、 可以测量距离、键角和扭转角，方便分析分子几何关系

2、 输出方面支持 jpg、pdf 和 PovRay 格式的文件

3、 导出的图像可直接用于文档或进一步渲染