MRIcron(医学影像分析软件)

MRIcron 面向神经科学场景，是一款开源医学影像处理与分析工具。它能够读取 DICOM、NIfTI 等多种医学影像格式，界面设计直观，功能覆盖脑成像数据的查看、编辑与分析，为科研人员和临床医生的工作提供支持。

功能特色

1、格式转换

该版本附带 dcm2nii 组件，能够把 DICOM 格式的医学影像数据转成 NIfTI 格式，方便后续开展分析工作。

兼容 SPM、Analyze、NIfTI 等多种医学影像格式，导入与导出均可使用。

2、三维可视化

具备强劲的三维渲染能力，可围绕脑部结构进行多视角的观察。

图像可裁剪、缩放与旋转，便于从多个角度观察和分析影像内容。

3、图像处理与分析

图像配准（Registration）：能够将来自不同来源的影像数据在空间位置上进行对齐匹配。

将影像数据对齐到 MNI 等标准空间，这一步称为标准化。

图像去噪功能可用于削弱画面中的杂色干扰，从而改善影像的整体质量。

4、统计分析

可对功能性磁共振成像（fMRI）数据开展统计分析，并据此生成激活图。

支持组分析（Group Analysis），可对不同组别的影像数据展开对比。

5、ROI 分析

支持用户圈定感兴趣区域，既可通过手动方式划定，也能借助自动识别来完成 ROI 的绘制。

支持对指定区域做ROI统计分析并提取该区域的影像特征；多幅影像可叠加显示并相互对照，便于查看不同时间点或不同条件下的影像差异。

6、其他功能

支持显示MNI坐标与地标（Landmark）信息。

可对图像的亮度与对比度进行调节。

可叠加多个图层，便于将多幅影像放在一起对照查看。

MRIcron画大脑叠加图教程

1、先挑选背景图像，从 file 菜单中执行 open templates 命令，会看到多种背景底图可供选择，此处选中 ch2bet.nii.gz 作为背景底图。

2、若要在背景图上叠加其他图像，选择 overlap 中的 add 图像功能即可。以自定义的 example.nii 图像为例，通过该操作便能将其显示在背景图 ch2bet 之上。

背景图像（Backgroud）通常采用 Grayscale 灰度配色；点击即可把右侧的 Grayscale 灰度方案应用到该背景图像上。数字代表图像强度区间，范围为 45 到 120：低于 45 的部分显示为全黑，高于 120 的部分显示为白色。

打开 colorbar 后，就能查看图像数值的分布区间，操作入口是：

显示colorbar：

色标条上超过120的数值会显示为白色，低于45则完全变黑。单击色标条时它呈横向排列，右键点击则切换为纵向。该控件左侧的按钮用于关闭色标条的显示。

接下来可以为叠加层换用别的配色方案。以example.nii为例，选择red_otto配色，把配色范围设为0.1至0.3，然后点击右侧的red_otto配色将其应用到example.nii图像上，叠加图就绘制完成了。