Primer Premier(引物设计软件) v6.25

Primer Premier 6 由加拿大 Premier 公司开发，是一款在分子生物学领域广泛使用的引物设计工具。软件主体由四大模块构成，其中最常被用到的是引物设计、限制性内切酶位点分析以及 DNA 基元查找，为相关实验人员提供了不少操作上的便利。Primer Premier 6.25 作为较新的版本，在功能上做了加强，依然围绕引物设计的基本原则展开，只是把速度和自动化程度提得更高。使用者既可以将模板序列提交到 primer3 这类知名网页端完成设计，也可以在本地电脑上安装这款专业软件来操作。软件支持 Win7 系统，能够完成 PCR 或测序引物以及杂交探针的设计。需要留意的是，Primer Premier 6 运行依赖 JRE 环境。

功能列表

1、CR引物设计：设计引物对用于PCR和多重实验

2、跨物种：扩增来自多个物种的序列

3、致病性检测：在高度保守的区域中定位寡核苷酸

4、等位基因特异性：仅扩增一组相关序列中的单个成员

5、简并：从氨基酸序列开始，反向翻译并自动设计低简并区域的寡核苷酸

6、嵌套/多重：检查多个候选寡核苷酸之间的同源性

7、限制酶和基序分析：从数据库中选择800多种酶和200种常见基序

8、Clustal W比对：使用任何资源（包括EBI）在执行ClustalW比对后加载比对序列

9、多序列比对：使用流行的Clustal W算法来对齐桌面上的序列（仅适用于Windows版本）

10、算法：使用Breslauer值计算Tm

长PCR-处理最多50 KB的序列

软件特色

1、 主要界面可分为序列编辑窗口（Genetank），引物设计窗口（Primer Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和纹基分析窗口（Motif）四大块

2、 该软件就是用来进行引物设计的，进行这些操作非常简单

3、 可以简单地通过手动拖动鼠标以扩增出相应片段所需的引物

4、 在手动的任何时候，下面显示各种参数的改变和可能的二聚体、异 二聚体、发夹结构等。也可以给定条件，让软件自动搜索引物，并将引物分析结果显示出来

primer6设计引物教程

1、首先，选取目的基因序列，对格式没有什么要求，只需要将目的基因序列复制就可以

2、打开File目录下的New，选择Sequence。这里的另一个project选项是导入文件的方式，也就是将目的基因以文件形式保存的可以直接导入文件。一般通过复制的方式会更方便

3、打开Sequence后，会弹出粘贴框，只需要将刚刚复制的基因序列粘贴上即可，然后点击下方的Add

4、选择上方的红蓝双向箭头的按钮进行引物设计，在设计开始前可以更改设计的参数，包括搜索的碱基范围、引物的长度，碱基数，设计结果显示的引物对数等

5、设置完参数后，点击下方的Search，软件开始分析设计，完成后，点击OK。设计结果就会在下面显示出来

6、结果中蓝色为前引物，红色为后引物，Rating是对引物的综合评价分数，在上方也会显示引物的优劣，最好的为Best，中等为Good，最次的为Poor。一般选择引物都为Best或Good，其它显示均是无法使用的

7、在右边还有两个选项，All Primers可以查看可选择的多对不同引物。可以根据需要选择合适位置和适当产物长度的引物。选择后需要点击下方的Replace才能替换

8、All Structers则可以查看当前选定引物的结构，如发夹结构，引物二聚体和重复碱基等

9、引物选定完成后，点击下方的引物序列，再右键会弹出复制信息选项，将设计好的引物导出。也可以直接以文件的形式将结果导出

升级适应了 NCBI-BLAST 服务器上可用的最新基因组数据库以及 NCBI 最近在其网站和服务上所做的更改，以提高安全性和隐私性